當年創始人親鸞聖人的女兒覺信尼將親鸞的墳墓遷至東山大谷，建造了御影堂（公元1272年），為本願寺的起源。戰國時代飽受戰亂迫害，於公元1591年（天正19年），由同是信徒的豐臣秀吉捐款移至現在的地址。
御影堂內供奉著親鸞聖人，江戶時代重新修造時，又在左堂奉有阿彌陀立像，故稱為「阿彌陀堂」。除此之外，西本願寺佔地十分遼闊，擁有許多重量級的景觀，而且有日本現存最大的書院，必須要事先申請才能參觀，同時著名的枯山水名庭「虎溪之庭」是指定的特別名勝；北側則有日本最古老的能劇舞台「北能舞台」與寺內的飛雲閣及四腳唐門被並列為國寶，據說南側的唐門被認定為伏見城的遺跡；而其中的飛雲閣更與金閣、銀閣並列為洛陽三閣。
東本願寺大火後重新建造時，據說十分不順利。為搬運建築用材，欠缺繩索，女性信徒乃將美麗象徵的長髮捐出，將其編織成為粗大繩索，以作為搬運建材之用。這條直徑40公分、長110公尺、重一噸的「太綱」，現在仍於寺中走廊陳列著。
寺內佔地面積廣大，境內東西約200公尺、南北約400公尺，裡面排列著巨大的伽藍。其中左邊的阿彌陀堂祀奉著聖德太子及法然上人；中間的大師堂號稱有927塊褟褟米寬，供奉著親鸞聖人的御真影，據說是世界最大級的木結構建築物，而高27公尺的大師堂門與知恩院、南禪寺合稱京都三大門。其中「鐘樓」是從公元1602年創建時流傳至今日的。
在東本願寺的右方，有東本願寺的別院涉成園，本來為平安時代天皇的寢宮。 園內遍植梅花和櫻花，還有書院、庭園和小池，造景十分優美，是書院式的回游庭園。 |
